讲座题目：复杂微生物群落中稀有物种的纳米孔选择性测序研究
主 讲 人：夏雨 副研究员
主 持 人：武冬 研究员
讲座时间：3月13日 10:00-11:00
讲座地址：闵行校区 资环楼435室
主办单位：生态与环境科学学院
报告人简介：
夏雨，香港大学博士。现任南方科技大学，环境科学与工程学院副研究员，博士生导师。环境微生物与生态基因组学实验室负责人（XYLab）。研究兴趣集中于：以 及Nanopore测序为代表的高通量组学技术，解密生物处理反应器、极端自然系统及洁净室内环境中微生物群系的种间互作关系以及关键基因（耐药基因）转移规律。 近五年来在EST, WR，Genome Research等顶级期刊发表论文50余篇，总引用次数 3500余次（Google Scholar）。现任Frontiers in Environmental Science，iMeta期刊副主编，中国工程院院刊Engineering青年编委。担任国自然面上项目、青年项目负责人及科技部重点研发计划课题负责人。曾担任南方科技大学教授委员会代表委员，美国微生物协会香港地区青年大使。
报告内容简介：
报告内容介绍稀有物种是微生物群落中的重要成员，但由于其丰度低，很难被组装成完整的基因组。ReadUntil（RU）策略使纳米孔测序仪能够实时地对特定DNA分子进行选择性测序，这为富集稀有物种提供了潜在的方法。尽管通过RU弹出具有已知基因组序列的宿主DNA（例如人类宿主DNA）来富集稀有物种的方法已被广泛应用，但在群落组成不明的环境样品中，基于RU的稀有物种富集仍然存在难题，这是由于在这些样品中许多物种缺乏相应的参考基因组序列。因此，我们提出了metaRUpore来解决这个问题。MetaRUpore通过一段短时间的正常测序，确定出群落的大致结构和高丰度物种的组成，以形成进行选择性测序所需的参考序列。metaRUpore成功将测序通量从高丰度种群转移到稀有物种，并促进了稀有物种的高质量基因组（highquality metagenome-assembled genomes, HQ-MAGs）的组装。该方法简捷且稳定，适用于具有中等计算资源的实验室，并有可能成为未来对复杂微生物群落进行宏基因组纳米孔测序的标准方法。